Rannsóknastöðin Rif var formlega stofnuð þann 23. maí 2014 en stofnun hennar á sér nokkurn aðdraganda. Í ljósi hraðrar fólksfækkunar á Raufarhöfn ákvað Byggðastofnun árið 2013 að prófa nýjar leiðir til að styrkja byggð á Raufarhöfn í samstarfi við sveitarfélagið Norðurþing, Atvinnuþróunarfélag Þingeyinga, Háskólann á Akureyri og heimamenn. Hrundið var af stað sérstöku átaksverkefni og var kallað eftir hugmyndum um eflingu samfélagsins, m.a. á íbúafundum. Náttúrustofa Norðausturlands, sem rekin er m.a. af sveitarfélaginu Norðurþingi, skilaði inn tillögu að uppbyggingu rannsóknastöðvar á Raufarhöfn. Henni yrði ætlað að efla vísindastarf á Melrakkasléttu, m.a. með því að laða að bæði innlenda og erlenda vísindamenn. Hugmyndinni var vel tekið, enda bjóða bæði innviðir á Raufarhöfn og náttúrufar Melrakkasléttu upp á mikla möguleika í rannsóknum á vistkerfi norðurslóða og áhrifum loftslagsbreytinga.

Í framhaldinu var verkefnið skilgreint og sótt um styrk í Vaxtarsamning Norðausturlands (VAXNA). Styrkur fékkst frá VAXNA og úr Eignarhaldsfélagi Brunabótafélags Íslands (EBÍ) en að auki lagði Byggðastofnun fjármagn í verkefnið. Þá fengust peningar af fjárlögum ársins 2014 í verkefnið. Rif hefur síðan hlotið ríkisframlag á ári hverju til rekstrar stöðvarinnar, fyrst í gegnum atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytið, síðan mennta- og menningarmálaráðuneytið og umhverfis- og auðlindaráðuneytinu.

Fyrstu misserin sinnti Náttúrustofa Norðausturlands verkefnum Rifs en verkefnastjóri var ráðinn til stöðvarinnar í júlí 2015 með 70% starfshlutfall. Með auknum umsvifum Rifs varð sú staða að stöðu forstöðumanns í lok árs 2016. Jónína Sigríður Þorláksdóttir, umhverfis- og auðlindafræðingur, hefur gegnt starfinu frá upphafi en Hrönn G. Guðmundsdóttir, umhverfisfræðingur einnig, leysti hana af tímabundið á árinu 2018.

Rannsóknastöðin Rif hefur ráðið líffræðinginn Pedro Rodrigues í stöðu forstöðumanns frá og með 10. maí 2021.

Frá upphafi hefur aðal aðsetur Rannsóknastöðvarinnar Rifs verið á Raufarhöfn, í gistiheimilinu Hreiðrinu.