Rannsóknastöðin Rif var formlega stofnuð þann 23. maí 2014 en stofnun hennar á sér nokkurn aðdraganda. Í ljósi hraðrar fólksfækkunar á Raufarhöfn ákvað Byggðastofnun árið 2013 að prófa nýjar leiðir til að styrkja byggð á Raufarhöfn í samstarfi við sveitarfélagið Norðurþing, Atvinnuþróunarfélag Þingeyinga, Háskólann á Akureyri og heimamenn. Hrundið var af stað sérstöku átaksverkefni og var kallað eftir hugmyndum um eflingu samfélagsins, m.a. á íbúafundum. Náttúrustofa Norðausturlands skilaði inn tillögu að uppbyggingu rannsóknastöðvar á Raufarhöfn. Henni yrði ætlað að efla vísindastarf á Melrakkasléttu, m.a. með því að laða að bæði innlenda og erlenda vísindamenn. Hugmyndinni var vel tekið, enda bjóða bæði innviðir á Raufarhöfn og náttúrufar Melrakkasléttu upp á mikla möguleika í rannsóknum á vistkerfi norðurslóða og áhrifum loftslagsbreytinga.

Í framhaldinu var verkefnið skilgreint og sótt um styrk í Vaxtarsamning Norðausturlands (VAXNA). Styrkur fékkst frá VAXNA og úr Eignarhaldsfélagi Brunabótafélags Íslands (EBÍ) en að auki lagði Byggðastofnun fjármagn í verkefnið. Þá fengust peningar af fjárlögum ársins 2014 í verkefnið. Rif hefur síðan hlotið ríkisframlag á ári hverju til rekstrar stöðvarinnar, fyrst í gegnum atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytið, síðan mennta- og menningarmálaráðuneytið og umhverfis- og auðlindaráðuneytinu.

Fyrstu misserin sinnti Náttúrustofa Norðausturlands verkefnum Rifs en verkefnastjóri var ráðinn til stöðvarinnar í júlí 2015 með 70% starfshlutfall. Með auknum umsvifum Rifs varð sú staða að stöðu forstöðumanns í lok árs 2016. Jónína Sigríður Þorláksdóttir, umhverfis- og auðlindafræðingur, hefur gegnt starfinu frá upphafi en Hrönn G. Guðmundsdóttir, umhverfisfræðingur einnig, leysti hana af tímabundið á árinu 2018. Rannsóknastöðin Rif hefur ráðið líffræðinginn Pedro Rodrigues í stöðu forstöðumanns frá og með 10. maí 2021.

Frá 2022 til 2025 var starfsemin rekin af Náttúrustofa Norðausturlands. Frá og með 1. janúar 2026 hefur Rannsóknastöðin Rif orðið hluti af Náttúrufræðistofnun Íslands. Þetta skref veitir Rífi traustan grundvöll fyrir sjálfbæra langtímaþróun. Stöðin mun áfram sinna mikilvægu starfi sínu á Melrakkasléttu, byggðu á þremur meginstoðum: rannsóknum, fræðslu og byggðaþróun.

Rannsóknastöðin Rif nýtur stuðnings umhverfis og auðlindaráðuneytisins og sveitarfélagsins Norðurþings.